In Ghost in the Shell: Arise 2 ci troviamo di fronte al Maggiore Kusanagi che ha finalmente creato la sua unità indipendente pronta all’attacco. Tuttavia la squadra è ancora affrancata dal sistema e ogni membro è caratterizzato da personalità individuali che non possono essere modellate a piacimento. Il team dovrà fermare un gruppo terroristico che si ispira a Scylla, un guerrigliero che nel passato aveva guidato la rivolta nel Kurdistan. Ma chi è veramente il fantomatico Scylla e cosa ha a che fare con il Maggiore Kusanagi? Questa, però, non è la sola minaccia che la neonata squadra dovrà affrontare, perché l’hacker Fire Starter ha dato inizio al suo attacco per infettare i cyberbrains con il suo ponte virus…È ora di risvegliare il vostro Ghost!