Siamo nel 1964, a St. Nicholas nel Bronx. Un prete vivace e carismatico, padre Flynn, si scontra con le austere regole scolastiche imposte e salvaguardate da sorella Aloysius, la direttrice. Ma il vento di cambiamento politico soffia anche su questa comunità, e la scuola ha di recente accolto anche il suo primo studente nero, Donald Miller. Quando sorella James rivela a sorella Aloysius il sospetto che padre Flynn stia prestando troppe attenzioni a Donald, la direttrice intraprende una crociata per riuscire a espellere Flynn dalla scuola. Tuttavia, senza alcuna prova, sorella Aloysius coinvolge padre FLynn in una battaglia psicologica che minaccia di scuotere l’intera comunità con conseguenze irreparabili.