Futuro, anno 2037: la crescita incontrollata dei cani e la diffusione di virus impone al sindaco della città di Megasaki, nell’arcipelago giapponese, di adottare una drastica misura d’emergenza: mettere in quarantena tutti i quadrupedi del Paese, segregandoli su un’isola solitamente destinata allo smaltimento dei rifiuti. Un ragazzino di nome Atari Kobayashi, in seguito alla scomparsa del suo cane Spots,  si dirige con un biplano sull’isola per ritrovarlo. Dopo il brusco atterraggio, viene soccorso da un manipolo di meticci, che lo aiuteranno nella missione.