Lupin III, nipote del celebre Arsenio Lupin, è universalmente riconosciuto come uno dei ladri più famosi del mondo, tanto da far parte dell’organizzazione The Works.
A capo di questo gruppo di ladri, c’è il veterano Dawson, che viene ucciso da una banda di criminali nel corso di una rapina, che ha come obiettivo un’antica collana, che a sua volta un tempo conteneva la preziosa pietra “Cuore rosso cremisi di Cleopatra”. A breve, il rubino e la collana si ricongiungeranno, per formare un unico gioiello dal valore inestimabile.
Lupin e i suoi amici – l’infallibile pistolero Jigen, il maestro della spada Goemon e l’affascinante Fujiko – dovranno espugnare “L’Arca di Navarone”, la gigantesca cassaforte di massima sicurezza in cui il gioiello è custodito. Il loro ingegnoso piano sarà ostacolato dall’instancabile ispettore Zenigata, pronto a tutto pur di arrestare Lupin, che continua a prendersi gioco di lui e dei suoi sforzi per consegnarlo alla giustizia.