l Villaggio Nascosto della Foglia viene gravemente danneggiato da uno gruppo sconosciuto di Ninja, arrivati improvvisamente in volo dall’oceano. Si tratta dei Ninja del Villaggio del Cielo, una città che fu in passato distrutta dal Villaggio Nascosto della Foglia.
Naruto e gli altri ninja della Foglia si battono per salvare il loro villaggio dalla crisi imminente e cercano di scoprire il vero scopo dei Ninja del Cielo. Ma lungo la strada dovranno vedersela con Sasuke, che ha ormai abbandonato il Villaggio della Foglia.