Molto tempo fa, un misterioso ninja mascherato scatenò la Volpe a Nove Code contro il Villaggio della Foglia creando caos e distruzione. Ma il Quarto Hokage, Minato Namikaze, e sua moglie Kushina Uzumaki sigillarono il demone nel corpo del loro figlio neonato Naruto, per salvare il villaggio e sventare il piano del ninja.
Anni dopo, Naruto e i suoi amici riescono a scacciare il famigerato Akatsuki, misteriosamente tornato dalla morte. Di ritorno al villaggio, i giovani ninja vengono elogiati dalle loro famiglie per aver completato una missione così pericolosa. Naruto, ricordandosi quanto si senta solo, inizia a chiedersi cosa significhi avere i genitori quando, a un tratto, una strana figura mascherata appare davanti di lui: lo stesso ninja mascherato responsabile della morte dei suoi genitori!